در قدیم در منطقه کنونی السالوادور سرخ‌پوستان پیپیلدر قسمت غربی و سرخ‌پوستان لنکا در قسمت شرقی سکونت داشتند. پیپیل‌ها در حدود سال 900 میلادی به این مناطق آمده بودند و با سوزاندن شهرهای ساکنان پیشین، شهرهای خود را بنا کرده و یک پادشاهی به نام < کوزکاتلان > را بنیاد نهادند. کوزکاتلان در زبان پیپیل به معنای «مکان جواهرات الماس» بود و هم‌اینک نیز برای اشاره به فردی از السالوادور که تبار و فرهنگش با آن تمدن مرتبط است از عبارت کوزکاتلانی استفاده می‌شود. از تمدن ماباهادر السالوادور نیز مکان‌های باستانی چندی به‌جا مانده که از آن‌جمله می‌توان به تازومال، خودبادکرن،کاسابلانکا و چالچوپا اشاره کرد.

پارک ملی باستان‌شناسی سیهوآتان در السالوادور که با 73 هکتار مساحت یکی از محوطه‌های تاریخی ارزشمند منطقه آمریکای جنوبی به‌شمار می‌آید، یکی از نخستین سکونتگاه‌های مایاها بوده و آثار تاریخی زیادی را از این تمدن با قدمتی بیش از 900 سال در خود جای داده است.

منطقه السالوادور در سال 1525 توسط پدرود آلواردو برای اسپانیا تصرف شد. در 1821 السالوادور از حکومت اسپانیا آزاد شد و بخشی از مکزیک شد. در سال 1823 اتحادیه‌ای به نام< ایالات متحده آمریکا > از مکزیک جدا شد که السالوادور نیز یکی از این ایالات بود. این ایالات متحده تا سال 1838 دوام آورد اما در آن تجزیه شد و السالوادور نیز در آن تاریخ از اتحادیه جدا شده و تبدیل به یک جمهوری مستقل شد.

پس از استقلال، ال سالوادور به طور رسمی دموکراسی به‌شمار می‌آمد اما در واقع این کشور توسط "چهارده خانواده" اداره می‌شد. در سال 1931 دیکتاتور ماکسیمیلیانو هرناندر مارتینز به قدرت رسید و در 1932 خیزشی روستایی به رهبری آگوستین فارابوندو مارتی را با خشونت سرکوب کرد. پس از سقوط هرناندز، السالوادور به طور متناوب دولت‌های دموکراتیک و دیکتاتوری به خود دیده است، اما به ندرت یک دولت غیر نظامی در این کشور بر سر کار بوده‌است.

طی سال‌های 1960 و 1970در السالوادور، نیکاراگوئه، و گواتمالا فضاهای دمکراتیک مسدود شد و قتل روشمند مخالفان باعث شد تا بخش‌های وسیعی از مردم به سوی مبارزه مسلحانه سوق داده شوند.

در 1969 به دنبال یک مسابقه فوتبال بین تیمهای السالوادور و هندوراس جنگ در گرفت.قدرت سیاسی و اقتصادی در دست چند خانواده متمرکز است و این منجر به تنش اجتماعی شده‌است. از اواخر دهه 1970 تا 1992 نظامیان با پشتیبانی آمریکا و یاری جوخه‌های مرگ جناح راست افراطی، به مبارزه با چریکهای چپگرای جبهه آزادیبخش ملی فارابوندو مارتی پرداختند که در نتیجه این کشور در وضعیتی شبیه به جنگ داخلی بسر می‌برد. در 1992 موافقت صلحی بین این نیروها حاصل شد و حکومت چندحزبی قانونی دوباره برقرار گشت.

در خلال جنگ داخلی 12 ساله این کشور واقعه کشتار غیر نظامیان موسوم به قتل عام  در حد فاصل 11 تا 13 دسامبر سال 1981 میلادی (1360 خورشیدی) اتفاق افتاد. در این رویداد حدود یک هزار غیر نظامی در عملیات سرکوب شورش‌های این کشور توسط ارتش تحت حمایت آمریکادر شهر "ال موزوته" السالوادور کشته شدند.