السالوادور کوچک‌ترین جمهوری آمریکای مرکزی است که از شمال و مشرق به هندوراس، از جنوب به اقیانوس آرام، و از مغرب به گواتمالا محدود است  .

این کشور کوهستانی است، رشته‌های کوهستانی در امتداد مرز با هندوراس و زنجیره‌های آتشفشانی و بلندتر در جنوب قرار دارد. آب و هوای آن در ساحل، استوایی مرطوب و بسیار گرم است، در حالی که مناطق درونی معتدل است. السالوادور بیش از 300 رودخانه دارد که مهم‌ترین آن رود لمپا است که از گواتمالا سرچشمه می‌گیرد و تنها رودخانه قابل کشتیرانی در السالوادور است. لمپا و شاخه‌های آن حدود نیمی از کشور را آبیاری می‌کند.

بلندترین کوه آتشفشان سانتا آنا به ارتفاع 2381 متر و بلندترین نقطه? کشور، کوه سرو ال پیتال به ارتفاع 2730 متر است. شهرهای مهم آن سان سالوادور، سانتا آنا، سویاپانگو و سان میگوئل و بندرهای آن ژاکوآران و لالیبرتاد هستند.

السالوادور در تاریخ خود شاهد زمین‌لرزه‌های ویرانگر و فوران‌های آتشفشانی بوده‌است. سان سالوادور در سال 1756 و پس از آن در سال 1854 توسط زمین‌لرزه نابود شد و لرزه‌های 1919، 1982 و 1986 نیز آسیب زیادی به این شهر زد. این کشور بیش از بیست آتشفشان دارد که دوتای آن‌ها یعنی سان میگوئل و ایزالکو در سال‌های اخیر فعال بوده‌اند.

در السالوادور چندین دریاچه نیز وجود دارد که در دهانه آتشفشان‌ها تشکیل شده‌اند که مهم‌ترین آن‌ها دریاچه یوپانگو و دریاچه کوآتپاکههستند. دریاچه گویخا بزرگ‌ترین دریاچه طبیعی السالوادور است. با سدسازی بر روی رود لمپا چندین دریاچه مصنوعی نیز پدید آمده که بزرگ‌ترین آن‌ها «امبالسه سرون گرانده» نام دارد.